Попробовал Крáкен сайт в деле, честно, это фиаско братан, но при этом реально работает. Странно, но все, кто говорит, что Крáкен, это просто еще один симулятор, просто не понимают, насколько он умный. Программа от Dassault Systèmes, не входит в стандартный пакет, надо отдельно покупать. Ну, классика, но зато за деньги вы получаете нечто, что способно смоделировать полимерную цепь из 100 000+ атомов. Это не про 1000 атомов, как в старых версиях, тут серьёзно

Методы, молекулярная динамика, статистическая механика. Плюсы: быстрее, чем GROMACS, при больших системах. Минусы: памяти жрет как дракон. При моделировании динамики на 100 нс и выше, начинаешь понимать, что нужен кластер. И да, графического интерфейса нет. Все на скриптах, Python или Bash. Если вы не умеете писать скрипты, это не для вас

• Плюсы: высокая точность, поддержка больших систем, ускорение на многопоточных системах (версия 2.0, 2021 г.)
• Минусы: высокие требования к железу, сложная настройка силовых полей (OPLS, CHARMM), нет GUI

Один из главных косяков, неправильные начальные условия. Если атомы пересекаются, симуляция рушится как карточный домик. Я лично сначала пытался запустить с неправильной инициализацией, и получил 20 часов работы, потом рухнул. Шутки шутками, но это убило сессию.

Итог: Крáкен сайт, это не для новичков. Но если вы в научных или промышленных исследованиях, где важна точность на атомном уровне, он шедевр. Зато весело) ))

Kraken сайт